ジャガイモは光を浴びて光合成をすることで、緑化、萌芽が促されます。ともに有毒物質のソラニンを増加させる働きがあるので、保存する際は、蛍光灯や日の光が当たる場所は避け、暗くて風通しのいい場所を選ぶようにしましょう。

ジャガイモは収穫したあと3ヶ月間は萌芽（ホウガ・芽を出すこと）しません。自家休眠と呼ばれるものです。したがって7℃〜15℃の常温下で保存することができます。ダンボール箱や麻袋、紙袋などにいれて、または新聞紙などでつつんで保存しましょう。

ジャガイモは冷蔵庫の中など3〜5℃の環境では、含まれるデンプンが糖分へと変わり、甘味が増すという特徴があります。煮物などに使えばジャガイモの甘さが引き立ちます。糖分が多いと揚げ物では、色が濃くなるので注意が必要です。また糖分がますとホクホク感も薄れるので料理によっては不向きな保存法かもしれません。 冷蔵庫での保存ですが、冷蔵庫の中は冷たく乾燥してるので、ジャガイモの水分が抜けてしわしわになりやすく、長期間の保存には向いていません。冷蔵庫で保存する場合には3.4日がおいしくたべれる目安です。2℃ぐらいの低温で湿度も維持できれば長期保存も可能です。

ジャガイモは冷凍保存にはむきません。含まれる水分が凍ってしまい、解凍するときに抜け出して、スカスカになってしまうからです。たべるときも、もそもそしておいしくありません。また生のジャガイモは0℃以下で保存するとデンプンが破壊されてしまい、味が大きく落ちてしまいます。冷凍保存したいときはまず一度煮たり蒸したりして火を通してから、マッシュポテトなどにして繊維をつぶしておいて保存するとよいです。

春先や、たくさんのジャガイモを買った時などには、リンゴといっしょに保存すると長持ちします。リンゴからでるエチレンガスがじゃがいもの萌芽を抑制してくれます。