土付きのごぼうは洗わずに新聞しにくるんでそのまま冷暗所で保存します。根（細い方）を下にして立てかけて保存するといいです。

軒下など濡れない場所に土のあるお宅なら、土の中に埋めて保存してもいいです。なるべくなら生育時と同じようにたてて保存するといいのですが、穴を掘るのがすこし大変なので寝かせて保存してもかまいません。

使いかけのごぼうはポリ袋に入れて冷蔵庫の野菜室で保存します。乾燥しないうちに使いきりましょう。

すでにささがき済みのごぼうなどは冷蔵庫で保存しても2，3日しかもちません。この場合は、きんぴらゴボウなどに調理してラップに小分けして冷凍保存して置くと長持ちします。